Członkowie Komisji są powoływani poprzez samorządy studentów poszczególnych uczelni. Każdy samorząd ma prawo do wyłonienia w drodze wyboru dwóch członków Komisji, będących studentami uczelni. Łącznie KWSM składa się z 22 członków Komisji, w tym pięcioosobowe Prezydium Komisji, kierujące pracami Komisji.

Komisja reprezentuje środowisko studentów uczelni medycznych wobec administracji rządowej i samorządowej oraz organizacji społecznych. Realizowane jest to zarówno poprzez opiniowanie projektów aktów prawnych, dotyczących spraw studenckich w zakresie wyższego szkolnictwa medycznego, jak również poprzez wyrażanie opinii całego środowiska studentów uczelni medycznych.

Do innych zadań KWSM należy rozwijanie współpracy i umacnianie więzi między studentami w poszczególnych ośrodkach akademickich, a także integracja środowiska studentów uczelni medycznych, wspomaganie mobilności naukowej, dydaktycznej oraz turystycznej.
Komisja działa także na płaszczyźnie lokalnej i służy samym samorządom studentów, prowadząc ewidencję organów samorządów studentów oraz tworząc sieć kontaktów. Staje się tym samym swoistą platformą, dzięki której wiele spraw staje się możliwych do konsultacji na forum ogólnopolskim.