W 2007 r. strona austriacka po raz pierwszy podczas posiedzenia Wspólnego Komitetu Ministrów Programu CEEPUS II przedstawiła propozycję zawarcia nowego porozumienia ustanawiającego Program CEEPUS III. Zmianą na korzyść w porównaniu do wcześniejszych porozumień jest fakt, że oprócz wspierania osób wyjeżdżających do uczelni partnerskich na studia lub w celu prowadzenia zajęć dydaktycznych, realizowane będą również projekty badawcze lub inne przedsięwzięcia naukowe. Dotychczasowa oferta poszerzona zostanie o stypendia doktoranckie związane z badaniami naukowymi w jednostkach partnerskich w ramach tzw. „Joint PhD Programs”. Zmiany te wynikają m.in. z potrzeby bardziej aktywnego włączenia szkół wyższych uczestniczących w Programie do tzw. „procesu bolońskiego” .

Od pierwszej edycji w Programie udział wzięło ponad 28 tys. stypendystów z krajów członkowskich. Od początku funkcjonowania CEEPUS Polska jest jego niekwestionowanym liderem zarówno pod względem wykorzystania zaplanowanych środków, jak i liczby uczestników. Co roku w ramach prowadzonych sieci akademickich w wymianie bierze udział ponad 600 osób z polskich uczelni. W Programie uczestniczą głównie szkoły wyższe nadzorowane przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Ministra Zdrowia.