GYA powstała w następstwie spotkań i dyskusji młodych naukowców zainicjowanych przez IAP – międzynarodową organizację zrzeszającą narodowe akademie nauk (106 akademii członkowskich, w tym Polska Akademia Nauk) podczas Światowego Forum Ekonomicznego w Davos w latach 2008 i 2009. W skład Global Young Academy wchodzi 200 młodych naukowców z całego świata wybieranych przede wszystkim według osiągnięć naukowych (“excellence of science”). Pod uwagę brane jest także zaangażowanie w pracę na rzecz rozwoju nauki (“commitment to service”). Kadencja członkowska w GYA trwa cztery lata. Funkcję jej przewodniczących pełnią obecnie prof. Rees Kassen z Kanady oraz prof. Bernard Slippers z RPA, a w skład Rady Doradczej GYA (Senior Advisory Board) wchodzą wybitni, doświadczeni naukowcy, w tym prof. Bruce Alberts – redaktor naczelny czasopisma „Science” i były prezes amerykańskiej National Academy of Sciences, czy prof. Helmut Schwarz – prezes Fundacji im. Aleksandra von Humboldta.

Global Young Academy ma siedzibę w Berlinie i jest finansowo wspierana m.in. przez IAP (the Global Network of Science Academies), Volkswagen Foundation, niemieckie Federalne Ministerstwo Edukacji i Badań Naukowych, Niemiecką Narodową Akademię Nauk Leopoldina, Berlińsko-Brandenburską Akademię Nauk.