Nagrodę im. Jana Uphagena ustanowiono w 2003 roku jako element funkcjonującej już wiele lat nagrody im. Jana Heweliusza. Do 2006 roku nosiła nazwę “Młody Heweliusz”. Nagroda przyznawana jest w dwóch kategoriach: nauk ścisłych i przyrodniczych oraz nauk humanistycznych. Laureatów wyłania Kapituła, w której skład wchodzą przedstawiciele uczelni Trójmiasta, Polskiej Akademii Nauk, Gdańskiego Towarzystwa Naukowego oraz reprezentant Urzędu Prezydenta Miasta. Nagrodą im. Uphagena honoruje się gdańskich badaczy, którzy nie ukończyli 30 roku życia.